Les collaborations relatives à cet axe concernent essentiellement trois thèmes. Le premier fait référence à des applications d'algorithmes déjà existants, les deux derniers à des travaux de nature à la fois biologique (modèles) et algorithmique.
Recherche de triplets et d'autres éléments structuraux dans
les séquences génomiques : Il s'agit ici de poursuivre des recherches
concernant les BIMEs (début de travail réalisé dans une collaboration
avec l'équipe de M. Hofnung de l'Institut Pasteur) et la présence de triplets
dans les séquences génomiques. L'idée est d'ensuite étendre la recherche
à d'autres types de motifs structuraux dans
l'ARN (pseudo-n
uds en particulier) [19].
Amélioration d'un algorithme de criblage de banque avec une description de structure d'ARN : Ce thème, qui doit généraliser et incorporer les approches rapides d'extraction de motifs structuraux dans les séquences nucléiques introduites dans [19], s'effectuera dans le cadre du projet France/Brésil mentionné ci-dessus. Une collaboration est également envisagée avec C. Gaspin et T. Schiex du Département de Biométrie et Intelligence Artificielle de l'INRA de Toulouse.
Prédiction de la structure secondaire et tertiaire d'un ARN : Ce travail comporte deux parties. La première vise à essayer de trouver un modèle permettant de développer un algorithme efficace, de nature combinatoire, d'inférence des sous-structures communes à un ensemble de séquences non alignées. La seconde partie du travail doit être réalisée en collaboration avec A. Jacquier de l'Institut Pasteur (début prévu à l'automne 1998) et traitera de la prédiction de la structure tertiaire d'un ARN, dans un premier temps à partir d'une prédiction de la structure secondaire initialement obtenue.