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À côté des structures dont la génomique est une activité essentielle,
plusieurs laboratoires de l'Institut impliqués dans des thématiques
diverses mettent en oeuvre des approches génomiques. En particulier,
depuis cette année plusieurs collaborations entre des scientifiques de
l'Institut Pasteur et le Centre National de Séquençage (CNS) se sont
mises en place. Nous leur procurons une assistance pouvant aller
jusqu'à une réelle collaboration dans la mise en oeuvre
de leurs projets.
Deux projets sont actuellement concernés :
- Séquençage du génome de Mycoplasma pulmonis :
ce projet a été soumis au CNS par Alain Blanchard.
Avant acceptation, le Comité Scientifique du CNS demandait
qu'une étude pilote soit réalisée permettant
d'estimer le degré de divergence entre ce génome et ceux de
Mycoplasma genitalium et pneumoniae
dont les séquences sont connues. Cette étude
a consisté à obtenir 600 séquences réparties aléatoirement dans le
génome, et à mesurer leurs similarités (à différents niveaux et en
utilisant différentes méthodes) avec les 2 génomes connus et leurs
produits protéiques. Cette étude est finie et une décision quant
à la poursuite du projet devrait intervenir rapidement.
Dans cette collaboration, Alain Blanchard fait
lui-même l'essentiel du travail informatique avec notre aide.
Notre participation sera probablement plus
importante si le projet est accepté, l'assemblage d'un génome de cette
taille (950 kpb) nécessitant une mise en
uvre
complexe des ressources de calcul et l'écriture
de programmes.
- Séquençage d'un BAC de souris (145 kpb) :
ce projet mené par Jean-François Bureau a été
accepté par le Comité Scientifique du CNS, et
nous collaborerons avec lui pour l'analyse de la séquence.
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