7.1.1 Participation à l'activité scientifique en génomique informatique

Nous effectuons à propos des programmes spécifiques à la génomique la même activité de veille technologique que pour l'ensemble des programmes utilisés en biologie (voir le texte de Catherine Letondal, chapitre 5 page ). Nous assurons l'installation et la maintenance des logiciels utilisés pour le traitement et l'assemblage des données de séquence issues des projets de séquençage utilisant une stratégie de « shotgun » et nous proposons des formations sur le sujet (voir paragraphe 4.2.2 page ). Les programmes permettant d'automatiser les traitements effectués lors de l'analyse des génomes ou d'assister cette analyse sont actuellement très jeunes et font souvent encore l'objet de développements. Nous travaillons en liaison étroite avec leurs auteurs pour évaluer et promouvoir ces nouveaux programmes, comme Lassap (développé à l'Institut National de Recherche en Informatique et Automatique) ou Magpie dont l'installation à l'Institut Pasteur fait l'objet d'un travail collaboratif avec Terry Gaasterland (Rockfeller University, New-York), et Folker Meyer (Université de Bielefeld, Allemagne). Nous proposons également aux pasteuriens des essais de logiciels payants tels « Genemine » développé par « Molecular Applications Group » en Californie. Enfin, par l'organisation de séminaires (voir annexe 8.1.6 page ), et de réunions d'information, nous contribuons à faire connaître à l'Institut Pasteur les travaux récents dans le domaine.

La veille scientifique qu'implique ces activités consiste en un travail classique de documentation, et une participation aux conférences internationales (foisonnantes ces 2 dernières années) traitant de génomique en général (Genome sequencing and analysis, organisée par le TIGR, 1997, 1998), ou plus spécifiquement des ses aspects informatiques (Computational Genomics, créée par le TIGR en 1997). À ce propos, il convient de noter que les conférences traitant plus généralement de biologie moléculaire informatique, telles que ISMB (Intelligent systems for molecular biology), ou Recomb (International Conference on Computational biology) plus théorique, étaient cette année très orientées vers les questions suscitées par la génomique. En 1998 nous avons également participé à une réunion de travail organisée par la National Institute of Health (NIH) et Department Of Energy (DOE) américains, dont l'objectif était de définir les enjeux prioritaires pour les 5 années à venir dans domaine de la génomique informatique.

Au travail de veille technologique et scientifique s'associe un travail de recherche et développement allant de l'algorithmique pure (voir texte de Marie-France Sagot, section 6.2 page ) à l'implantation de programmes qui, étant le plus souvent motivée par des collaborations avec des chercheurs de l'Institut, est présentée dans ce cadre.