next up previous contents
Next: 7.1.1 Participation à l'activité Up: 7. Génomique ; bases Previous: 7. Génomique ; bases

7.1 Activités en génomique

Ensemble d'approches visant à traiter de questions biologiques par une étude systématique des génomes des organismes vivants, la génomique inclut ainsi l'obtention des séquences des génomes et l'exploitation de cette information, par des méthodes informatiques ou expérimentales. Les méthodes informatiques permettent d'analyser et interpréter les séquences pour y identifier différents éléments (régions susceptibles de correspondre à des gènes, éléments régulateurs ou impliqués dans des phénomènes de recombinaison, propriétés structurales ou fonctionnelles des ARNs ou protéines putatifs, etc.) en se fondant sur les connaissances que nous avons des relations entre les caractéristiques des séquences et les propriétés des molécules biologiques. Les méthodes expérimentales sont par exemple l'extension de la technologie de « double-hybride », qui permet de mettre en évidence des interactions entre protéines, à l'échelle d'une banque génomique d'expression, ou l'analyse par hybridation moléculaire des taux d'expression de tous les ARNs transcrits à partir d'un génome. On parle souvent de « génomique fonctionnelle » pour regrouper l'ensemble de ces approches expérimentales.

Permise par les progrès parallèles des biotechnologies et de l'informatique, la génomique a pris actuellement une place importante en biologie, en témoignent le nombre de génomes complets actuellement séquencés, l'impressionnant développement d'approches expérimentales ou informatiques directement liées à l'étude des génomes ces dernières années, et l'ébullition actuelle de l'activité scientifique dans le domaine. Un aspect en est l'« informatique en génomique », ou « génomique informatique » : le volume des données générées par ces approches systématiques nécessite une gestion informatisée ; toutes les méthodes informatiques d'analyse de séquences trouvent des applications en génomique ; l'étude d'un génome complet permet de poser de nouvelles questions qui suscitent des développements informatiques spécifiques. La croissance de la génomique en tant que discipline de la biologie s'accompagne donc d'une place prépondérante qui lui est accordée au sein de la biologie moléculaire informatique aujourd'hui. Ceci concerne des aspects très « techniques » de l'informatique (administration des systèmes informatiques permettant de gérer efficacement ces quantités de données et de calculs...) comme des versants beaucoup plus « théoriques » tels que la recherche en algorithmique, en passant bien sûr par le développement et l'utilisation professionnelle de programmes informatiques.

Au cours des 10 dernières années, plusieurs laboratoires de l'Institut Pasteur ont été impliqués dans des projets de « première génération » avec le séquençage systématique des génomes de la levure Saccharomyces cerevisiae et des bactéries Mycobacterium tuberculosis et Bacillus subtilis. Plus récemment, des structures spécialisées ont été créées : le Laboratoire de Génomique des Micro-organismes Pathogènes (LGMP) a été créé le 1 Février 1998 ; son activité concerne le séquençage et l'analyse de génomes de micro-organismes pathogènes, en collaboration avec les laboratoires de l'Institut Pasteur travaillant sur ces organismes. La société Hybrigenics est une entreprise privée créée en 1998 et affiliée à l'Institut Pasteur qui lui assure un soutien logistique et scientifique (elle est implantée dans des locaux de l'Institut Pasteur pour une durée d'un an). Sa vocation est de réaliser des cartes d'interactions protéiques mises en évidence par la technique de « double-hybride » en exploitant la connaissance des génomes de divers organismes. Par ailleurs, plusieurs laboratoires de l'Institut Pasteur ont entrepris des collaborations avec le Centre National de Séquençage (CNS), créé en 1997.

Dans ce contexte, les compétences réunies au SIS permettent de participer à l'activité scientifique dans le domaine de l'informatique en génomique, ainsi que de contribuer aux travaux de génomique à l'Institut Pasteur en collaborant sur plusieurs projets qui y sont menés, par différents laboratoires.



 
next up previous contents
Next: 7.1.1 Participation à l'activité Up: 7. Génomique ; bases Previous: 7. Génomique ; bases