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1. Introduction générale
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I. Compte-rendu d'activité
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1. Introduction générale
1.1 Missions du Service d'Informatique Scientifique
1.2 Petit historique
1.2.1 L'état au moment de la réorganisation
1.2.2 L'attente des biologistes
1.2.3 La Commission d'Informatique Scientifique
1.2.4 Installation des serveurs
1.2.5 Construction du réseau
1.2.6 Combien ça a coûté ?
1.3 Qu'est-ce que l'informatique ?
1.4 Les « non-missions » du SIS
2. Systèmes et réseaux informatiques
2.1 Les systèmes
2.1.1 L'informatique de la bibliothèque
2.1.2 La gestion du libre service informatique
2.2 Les réseaux informatiques
2.2.1 Architecture actuelle
2.2.1.1 Architecture physique
2.2.1.2 Architecture logique
2.2.1.3 Protocoles
2.2.2 Architecture future
2.2.3 Nos missions
2.3 La sécurité
2.3.1 Classification des ordinateurs
2.3.2 Hiérarchie de la confiance
2.3.2.1 Authentification
2.3.3 Nos missions
3. Banques de données et logiciels biologiques
3.1 Logiciels créés à l'Institut Pasteur
3.2 Maintenance des banques de données biologiques
3.2.1 Transfert de fichiers
3.2.2 Volumes transférés
3.2.3 Génération des différents formats
3.2.4 Système de fichiers de travail et son clone
3.2.5 Synchronisation des différents formats
3.2.6 Limite du mécanisme de clonage
3.2.7 Apports de la méthode actuelle
3.2.8 Perspectives
3.3 Modélisation moléculaire
3.4 Bases de données
4. Enseignement et formation
4.1 Le cours Pasteur d'Informatique en Biologie
4.1.1 Origine et constitution
4.1.2 L'idée générale
4.1.3 Les acteurs
4.1.4 Le programme
4.2 Formations proposées aux utilisateurs
4.2.1 Les cours d'informatique
4.2.2 La formation aux logiciels biologiques
4.2.3 Participation aux Cours Pasteur
4.2.4 Perspectives
5. Du logiciel à la programmation
Le problème de l'accès aux ressources informatiques pour les biologistes
5.1 Logiciels pour la biologie
5.1.1 Veille technologique et scientifique
5.1.2 Installations de logiciels, outils d'administration
5.1.3 Environnements utilisateurs
5.1.4 Documentation
5.1.5 Réunions thématiques
5.2 Développement d'un outil générateur d'interfaces Web
5.3 Thèse en informatique
6. Recherche en biologie moléculaire informatique
6.1 Introduction
6.2 Recherche (individuelle et en collaboration)
6.2.1 Extraction de motifs simples ou structurés dans une ou plusieurs séquences génomiques
6.2.2 Structure secondaire et tertiaire des ARNs, structure de l'ADN
6.2.3 Phylogénie
6.2.4 Structures de protéines
6.3 Diffusion des connaissances et liaison entre les diverses communautés
6.3.1 Mise en place d'outils
6.3.2 Séminaires
6.4 Formation
7. Génomique ; bases de données
7.1 Activités en génomique
7.1.1 Participation à l'activité scientifique en génomique informatique
7.1.2 Collaborations au sein de l'Institut Pasteur.
7.1.2.1 Laboratoires spécialisés en génomique
7.1.2.2 Collaborations avec d'autres groupes de l'Institut Pasteur
7.1.3 Conclusion sur la génomique
7.2 Bases de données ; collaborations
8. Systèmes d'information
8.1 Serveur Web
8.1.1 Historique
8.1.2 État actuel
8.1.3 Projets en cours et collaborations
8.1.4 Perspectives
8.1.5 Personnes impliquées
8.1.6 Statistiques
8.2 Serveur d'archives Ftp
8.2.1 Historique
8.2.2 État actuel
8.2.3 Perspectives
8.2.4 Personnes impliquées
9. Collaboration avec le Réseau international
9.1 Le réseau international des Instituts Pasteur et Instituts Associés
État présent des communications avec le Réseau
9.2 Accès au réseau des Instituts Pasteur et associés : aspects humains
9.2.1 Sensibilisation et formation des utilisateurs
9.2.2 Des ingénieurs pour la mise en place du réseau
9.3 Plan de mise en
uvre
9.4 Actions réalisées
10. Séminaires du SIS
10.1 Séminaire Algorithmique et Biologie de M.-F. Sagot
10.1.1 Structures d'ARN
10.1.2 Phylogénie
10.1.3 Structures de protéines
10.2 Séminaires organisés par Catherine Letondal
10.3 Séminaires organisés par Frédérique Galisson
10.3.1 Séminaires à l'Institut Pasteur
10.3.2 Contribution à l'organisation de conférences internationales
10.4 Autres séminaires du SIS
11. Perspectives et conclusion
uvre