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Configurer des séquences biologiques pour les aligner

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Codage de séquences biologiques avec Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Alignement de séquences biologiques

Algorithme de Needleman et Wunsch en Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 17 août 2021

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Alignement de séquences biologiques

Algorithme de Needleman et Wunsch en Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 14 août 2021

dernière modification le 30 août 2021

Cet article est un nouveau chapitre de mes exercices de programmation en Rust, précédé de Premiers programmes en Rust, de Programmation Rust, suite, de Codage de séquences biologiques avec Rust et de Configurer des séquences biologiques pour les aligner. Il arrive au cœur du sujet, l’algorithme de Needleman et Wunsch pour l’alignement de séquences, pour lequel j’ai déjà publié les solutions en Scheme et en Python (pour ce dernier, désolé, il faudra acheter le livre, sans d’ailleurs pour autant vous priver de celui de Scheme). La présentation de cet algorithme doit beaucoup à William Saurin.

Programmation dynamique

L’algorithme de Needleman et Wunsch calcule un alignement optimal de deux chaînes de caractères en fonction du coût attribué aux trous (pénalité de gap, par exemple lorsqu’une chaîne est plus courte que l’autre) et aux mutations (lorsque l’on aligne deux caractères différents ; (...)

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Configurer des séquences biologiques pour les aligner

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 3 juillet 2021

dernière modification le 17 août 2021

Pour programmer un algorithme génial qui méritera le prix Turing, il faudra souvent avoir au préalable acquis les données, généralement depuis un ou plusieurs fichiers, et les avoir mises sous la forme appropriée. C’est un travail peu glorieux, mais ce n’est pas forcément très facile, cela prend du (...)

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Corrigé de l’examen BNF103 - Algorithmes pour la bioinformatique

Session de juin 2021

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 26 juin 2021

dernière modification le 23 juillet 2021

Les problèmes 1 et 3 sont notés sur 8 points, le problème 2 sur 4 points. Il est recommandé de lire entièrement les énoncés des trois problèmes avant de commencer à répondre. Problème N° 1

On s’intéresse à l’écriture des nombres conformes à la syntaxe de la calculette standard des systèmes Unix, bc, et on (...)

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Corrigé de l’examen d’algorithmique de la biologie, juin 2012

Programmation des expressions régulières

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 24 juin 2021

Traitement des expressions régulières

On s’intéresse à l’écriture des nombres conformes à la syntaxe de la calculette standard des systèmes Unix, bc, et on veut créer des expressions régulières qui vérifient la syntaxe de tels nombres. Par exemple, si j’écris -1.23^-5 cela dénote le nombre (l’accent (...)

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Codage de séquences biologiques avec Rust

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 15 juin 2021

dernière modification le 16 juin 2021

Un exemple intéressant de codage de l’information est la représentation des signes de l’écriture, caractères alphabétiques, sinogrammes, hiéroglyphes, chiffres, etc., désignés par le terme générique caractère.

Aux débuts du traitement des textes par ordinateur existaient deux codes rivaux : ASCII (American (...)

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Programmation Rust, suite

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 15 mai 2021

dernière modification le 16 mai 2021

Cet article est la suite d’un précédent.

Configurer les séquences pour l’alignement

Après avoir ouvert et lu des fichiers, il faut maintenant lire un fichier au format FASTA, en se limitant pour l’instant à un fichier qui ne contient qu’une seule séquence, séparer la ligne initiale de commentaire (qui contient les identifiants de la (...)

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Premiers programmes en Rust

Un héritier d’Ada pour la programmation système ?

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 5 mai 2021

dernière modification le 15 septembre 2021

Cet article a une suite.

Programmation de bas niveau dans un langage moderne

Après l’assembleur RISC-V je suis monté d’un étage dans l’échelle d’abstraction des langages et me voici en Rust. L’apparition de ce nouveau langage de bas niveau (c’est-à-dire proche du matériel) m’a séduit a priori parce que je n’ai jamais pu me (...)

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Créer une machine virtuelle Ubuntu sous Windows et y installer Bigloo

Pré-requis pour le cours d’initiation à la programmation

par Laurent Bloch

Article mis en ligne le 23 avril 2021

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Configurer des séquences
17 août 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Algorithmes pour la biologie
Codage de séquences biologiq
17 août 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Algorithmes pour la biologie
Algorithme de Needleman et
17 août 2021
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30 août 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Informatique, biologie, (...)
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Corrigé de l’examen BNF103 -
23 juillet 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Examens et corrigés
Corrigé de l’examen d’algorit
24 juin 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Examens et corrigés
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16 juin 2021
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16 mai 2021
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Premiers programmes en (...)
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Créer une machine virtuelle
23 avril 2021
par Laurent Bloch
Rubrique : Boîte à outils

Bioinformatique, algorithmique, programmation

Scheme et les langages Lisp
Algorithmes pour la biologie
- Examens et corrigés
Enseignement de l’informatique, expériences, problèmes et perspectives
Informatique, biologie, programmation
Initiation à la programmation

Cyberstratégie, Internet (évolution, organisation et sécurité)

From Blitzkrieg to Bitskrieg : The Military Encounter with Computers
NoSuchCon 2014, de plus en plus fort
NoSuchCon, conférence de sécurité informatique
À propos de l’hégémonie américaine dans le cyberespace
À qui obéit votre ordinateur ?
Après Snowden, PRISM, RSA
Bruce Schneier et la réaction aux incidents de sécurité
Cartographie de la recherche publique en cybersécurité
Charte de l’administrateur de système et de réseau
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Codes secrets et arithmétique modulo n
Comment sont gérés les noms de domaines en .fr - Principes du DNS - L’Afnic
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Contre les brevets logiciels
Cours de sécurité du système d’information
Cryptographie en boîte blanche pour la protection des documents numériques
Cyberdissuasion, cyberreprésailles, cyberdéfense
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Données pour la guerre économique Chine - États-Unis
Forum Gouvernance de l’Internet 2015
Géopolitique de l’Internet
Gouvernance de l’Internet
Hackito Ergo Sum 2012
Il faut que le DNS soit unique
Interceptions, boîtes noires et algorithmes
Internet, espaces publics mondiaux, Alfred Mahan, once again
Inventer l’Internet (Inventing the Internet)
Journée Sécurité des Systèmes d’Information 2012
L’architecture x86 est-elle sûre ?
L’Atlas 2014 des enjeux maritimes
L’Union européenne, colonie du monde numérique ?
La faille Exim4
La signature électronique universelle
La souveraineté a-t-elle encore un sens dans un monde globalisé ?
Le rootkit de Sony
Le grand schisme de l’Internet
Le management de la sécurité de l’information
Le programme Einstein 3 pour protéger les infrastructures critiques
Les Global Commons et l’Internet à la lumière d’Alfred Mahan
Les certificats serveur
Les cyberattaques sont-elles solubles dans l’armement cinétique ?
Les failles Meltdown et Spectre
Les mégadonnées utiles contre le terrorisme ?
L’Internet au large : l’avenir du routage et les Autonomous Systems
L’Internet bouleverse la culture et les relations inter-culturelles
L’Internet favorise-t-il le dialogue des civilisations et la diversité culturelle ?
Rétroconception de composants électroniques
Sabotage furtif de microprocesseurs
Sécurité informatique
Sécurité informatique, principes et méthode
Signature électronique, réponses aux réponses
Tim Berners-Lee pour la sauvegarde du Web
Une architecture en couches pour le cyberespace

Souveraineté dans le cyberespace

Histoire de l’informatique

Bletchley Park, haut lieu de la cryptographie
Chercheurs et ingénieurs en informatique
Comment Intel devint hégémonique
Histoire illustrée de l’informatique
Industrie électronique et informatique américaine
Informatics in the light of some Leibniz’s works
Inventer l’Internet (Inventing the Internet)
L’Institut Pasteur et les Réseaux Africains (1995)
La conversion à Unix
La France en réseaux (1960-1980)
La Société informatique de France célèbre 50 ans d’Internet
Les métamorphoses du calcul
Les microprocesseurs, leur histoire et leur avenir
Louis Pouzin - L’un des pères de l’Internet
L’arithmétique binaire, par Leibniz
L’informatique à la lumière de quelques textes de Leibniz
L’informatique embarquée du premier sous-marin nucléaire français
L’informatique en France de la seconde guerre mondiale au Plan Calcul
Marché des semi-conducteurs : les leaders depuis 1985
Petite bibliographie pour un historique du Système d’Information
Premiers circuits intégrés, naissance de Pascal
Quel fut le premier ordinateur ?
Richard Stallman et la révolution du logiciel libre

Informatique, pensée, création

Bouveresse, Leibniz, Gödel
Faire respecter le droit d’auteur à l’âge informatique ?
Faux amis / Deceptive Cognates
Gratuit !
Informatique et épistémologie
Inscription Paperblog
Introduire l’informatique dans la culture
L’État et les usages de l’Internet
L’Internet au large : l’avenir du routage et les Autonomous Systems
La gratuité, c’est le vol
La longue traîne
La signature électronique universelle
Le grand schisme de l’Internet
Les man pages Unix sont incompréhensibles par essence
Livre électronique, droit d’auteur, DRM et service au client
L’Internet bouleverse la culture et les relations inter-culturelles
L’Internet favorise-t-il le dialogue des civilisations et la diversité culturelle ?
Publier ses livres à son compte
Quand le digital défie l’État de droit
Quelques arguments contre la brevetabilité du logiciel
Révolution dans la nouvelle cité électronique
Signature électronique : iTunes suit notre idée ! :-) MySpace aussi
Signature électronique, réponses aux réponses
Une industrie française des mégadonnées ?
« L’Enchâssement », un hymne à la récursivité

L’informatique : science et industrie

Boîte à outils
Économie et perspectives de l’informatique
Logiciel libre
Science informatique

Lectures

De l’informatique, un livre de Michel Volle
Avoir des leaders dans la compétition universitaire mondiale
L’informatique embarquée du premier sous-marin nucléaire français
La bulle universitaire — Faut-il poursuivre le rêve américain ?
La pensée PowerPoint — Enquête sur ce logiciel qui rend stupide
Le récit de Cédric Villani : Théorème vivant
Les métamorphoses du calcul
Prédation et prédateurs par Michel Volle
Richard Stallman et la révolution du logiciel libre
Richesse du monde, pauvretés des nations

Marcel Moiroud : journal-atelier

À propos de Rationalité et réalisme : qu’est-ce qui est en jeu ?
Croire ce nous savons

Révolution cyberindustrielle et iconomie

Exascale Computing and Big Data
Accès à l’Internet : Free et les autres
Alstom, scandale d’État
Brève bibliographie de la révolution cyberindustrielle
Calcul haute performance, mégadonnées (Big Data & HPC)
Dans les entrailles de l’Internet
Devoxx, la Révolution cyberindustrielle en actes
Hyperpuissance de l’informatique - Algorithmes, données, machines, réseaux
IBM et Microsoft contre les GAFA, Cisco contre Huawei : bien gérer son déclin
Industrie des Données
Industrie des semi-conducteurs
Informatique en nuage et réseaux de distribution de données
L’informatique, première industrie mondiale
La Chine va-t-elle dominer le monde ?
La filière informatique
Le Bal des cybervampires
Les sites Web de la bibliographie
L’usine microélectronique STMicro à Crolles
Maisons de retraite et déchetteries
Netflix, Salto : évolutions de la télévision et défis de souveraineté
OCamlPro, logiciel et blockchain
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Révolution cyberindustrielle en France
Systèmes d’exploitation
Trump et Xi Jinping - les apprentis sorciers
Un paradoxe cyberindustriel
Une malédiction du logiciel ?
Urssaf, CIPAV, RSI, le cauchemar

Systèmes d’exploitation, architecture des ordinateurs

System-on-a-chip (SoC) : asynchronisme et économie d’énergie
Architecture ARM : les microprocesseurs les plus répandus dans le monde
Attack of the Killer Microseconds
Circuits logiques et semi-conducteurs
Complexité de l’analyse du cache
De Multics à Unix et au logiciel libre
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Livre de système d’exploitation
Main basse sur le démarrage de votre ordinateur ?
Mémoire virtuelle, persistance : faut-il des fichiers ?
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Alexandre Zinoviev (1922-2006)
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Comment travailler avec des informaticiens ?
Contre les méthodes de conduite de projet
De RSSI à DSI
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Mythes et Légendes du Système d’information (SI)
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Pourquoi ne pas copier les méthodes du logiciel embarqué ?
Premières observations à l’université
Richard Feynman et la conduite de projets
Terminologie, thésaurus, « ontologie »
Travail ou imitation de travail ?
Un système d’information : oui, pourquoi pas, mais est-ce vraiment nécessaire ?
Va-t-on enfin prendre l’informatique au sérieux ?

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