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ISSN 2271-3905
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Bioinformatique, algorithmique

Cette rubrique regroupe essentiellement des documents liés à mes activités d’enseignement et aux réflexions qu’elles suscitent.

Cette rubrique regroupe essentiellement des documents, liés à mes activités d’enseignement et aux réflexions qu’elles suscitent, répartis dans les sous-rubriques affichées ci-dessous. Les étudiants sont invités à consulter également l’aricle relatif au langage Scheme, qu’ils utiliseront pour leurs ED.

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Avec Rust : scores de similitude d’une séquence biologique contre une banque
Publié le 25 octobre 2021
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Lire une banque de séquences biologiques avec Rust
Publié le 12 octobre 2021
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Mon article précédent consacré à Rust donne une version de l’algorithme classique de Needleman et Wunsch pour l’alignement de séquences biologiques : chacune des séquences est enregistrée dans un fichier FASTA, le programme lit les deux fichiers et calcule le score de similitude en fonction des coûts de (...)

Python et Biopython
Publié le 12 octobre 2021
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Une banque de séquences au format FASTA
Publié le 12 octobre 2021
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C’est une petite banque de séquences extraites de génomes d’orchidées : >gi|2765658|emb|Z78533.1|CIZ78533 C.irapeanum 5.8S rRNA gene and ITS1 and ITS2 DNA CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGGAATAAACGATCGAGTG (...)